ошибка сегментации ошибка openmp

Я не уверен, что это единственная проблема с вашим кодом, но стандартные контейнеры (такие как std::map) не являются потокобезопасными, по крайней мере, если вы пишете в них. Поэтому, если у вас есть доступ на запись к вашему maps, например dist[(*datIt).first][(*datIt2).first]=ecl;, вам нужно обернуть любой доступ к картам в какую-то структуру синхронизации, используя либо #pragm omp critical, либо mutexes (мьютекс omp или, если вы используете boost или C++11 boost::mutex или std::mutex тоже варианты):

//before the parallel:
omp_lock_t lock;
omp_init_lock(&lock);
...

omp_set_lock(&lock);
dist[(*datIt).first][(*datIt2).first]=ecl;
dist[(*datIt2).first][(*datIt).first]=ecl;
omp_unset_lock(&lock);
...

//after the parallel:
omp_destroy_lock(&lock);

Поскольку вы читаете только из dat, все должно быть в порядке без синхронизации (по крайней мере, в С++ 11, С++ 03 не имеет никаких гарантий в отношении безопасности потоков (поскольку у него нет концепции потоков). Обычно должно быть нормально использовать его без синхронизация по-прежнему, но технически ее поведение зависит от реализации.

Кроме того, поскольку вы не указали совместное использование данных, все переменные, объявленные за пределами региона parallel, по умолчанию являются общими. Поэтому ваш доступ на запись к datIt и datIt2 также представляет собой состояние гонки. Для datIt2 этого можно избежать, либо указав его как private, либо, что еще лучше, объявив его в момент первого использования:

map< int,string >::iterator datIt2=dat.find((*datIt).first);

Решение этого для datIt немного более проблематично, так как кажется, что вы хотите выполнить итерацию по всей длине карты. Самый простой способ (который не слишком затратен при использовании O(n) для каждой итерации), по-видимому, работает с частной копией datIt, которая соответственно расширяется (не гарантирует 100% правильности, просто краткий обзор):

#pragma omp  parallel //construct the distance matrix
{  
   map< int,string >::iterator datItLocal=datIt;
   int lastIdx = 0;
   for(int i=0;i<size;i++)
   {
      std::advance(datItLocal, i - lastIdx);
      lastIdx = i;
      //use datItLocal instead of datIt everytime you reference datIt in the parallel
     //remove ++datIt
   }
}

Таким образом, карта повторяется omp_get_num_threads() раз, но она должна работать. Если для вас это неприемлемые накладные расходы, посмотрите этот мой ответ для альтернативных решений для зацикливания на bidirectional iterator в openmp.

В качестве примечания: возможно, я что-то упустил, но мне кажется, что, учитывая, что datIt является итератором в dat, dat.find(datIt->first) немного избыточен. На карте должен быть только один элемент с данным ключом, и datIt указывает на него, так что это кажется дорогим способом сказать datIt2=datIt (поправьте меня, если я ошибаюсь).

В дополнение к ответу Гирзли вы не указываете ничего личного или общего. Обычно это означает, что вы не контролируете доступ к своей памяти. Вы должны определить datIt firstprivate и datIt2 private при входе в параллельный регион, иначе каждый поток перезапишет свое общее значение, что приведет к ошибкам сегментации.

Вместо использования блокировок я бы использовал критическую секцию, которая более открыта.