Python перебирает два файла, выполняет вычисления, затем выводит 3 файла

Думаю, что это не лучший способ, но он работает для меня и выглядит довольно простым для понимания:

# Sorry but was not able to check code below
def get_diff(fileObj1, fileObj2):
    f1Diff = []
    f2Diff = []
    outputData = []
    # x is one row
    f1Data = set(x.strip() for x in fileObj1)
    f2Data = set(x.strip() for x in fileObj2)
    f1Column1 = set(x.split('\t')[0] for x in f1Data)
    f2Column1 = set(x.split('\t')[0] for x in f2Data)
    l1Col1Diff = f1Column1 ^ f2Column1
    l2Col1Diff = f2Column1 ^ f1Column1
    commonPart = f1Column1 & f2column1
    for line in f1Data.union(f2Data):
        lineKey = line.split('\t')[0]
        if lineKey in common:
            outputData.append(line)
        elif lineKey in l1ColDiff:
            f1Diff.append(line)
        elif lineKey in l2ColDiff:
            f2Diff.append(line)
    return outputData, f1Diff, f2Diff

outputData, file1Missed, file2Missed = get_diff(open(file1, 'r'), open(file2, 'r'))

Я бы посоветовал вам использовать модуль csv для чтения ваших файлов таким образом (возможно, вам придется возиться с диалектом, см. http://docs.python.org/library/csv.html для справки:

import csv
one = csv.reader(open(file1, 'r'), dialect='excell')
two = csv.reader(open(file2, 'r'), dialect='excell')

тогда вам может быть проще «архивировать» по строкам обоих файлов одновременно (см. http://docs.python.org/library/itertools.html#itertools.izip_longest):

import itertools
file_match = open('match', 'w')
file_nomatch1 = open('nomatch1', 'w')
file_nomatch2 = open('nomatch2', 'w')
for i,j in itertools.izip_longest(one, two, fillvalue="-"):
    if i[0] == j[0]:
        file_match.write(str(i)+'\n')
    else:
        file_nomatch1.write(str(i)+'\n')
        file_nomatch2.write(str(j)+'\n') 
        # and maybe handle the case where one is "-"

Я перечитал сообщение и понял, что вы ищете совпадение между ЛЮБЫМИ двумя строками в обоих файлах. Возможно, кому-то приведенный выше код покажется полезным, но он не решит вашу конкретную проблему.

Я бы предложил использовать установить операцию

from collections import defaultdict

def parse(filename):
    result = defaultdict(list)
    for line in open(filename):
        # take the first number and put it in result
        num = int(line.strip().split(' ')[0])
        result[num].append(line)  
    return result

def select(selected, items):
    result = []
    for s in selected:
        result.extend(items[s])
    return result

one = parse('one.txt')
two = parse('two.txt')
one_s = set(one)
two_s = set(two)
intersection = one_s & two_s
one_only = one_s - two_s
two_only = two_s - one_s

one_two = defaultdict(list)
for e in one: one_two[e].extend(one[e])
for e in two: one_two[e].extend(two[e])

open('intersection.txt', 'w').writelines(select(intersection, one_two))
open('one_only.txt', 'w').writelines(select(one_only, one))
open('two_only.txt', 'w').writelines(select(two_only, two))

Я думаю, что этот код подходит для ваших целей

one=open(file1, 'r').readlines()
two=open(file2, 'r').readlines()
output=open('output.txt', 'w')

first = {x.split('\t')[0] for x in one}
second = {x.split('\t')[0] for x in two}
common = first.intersection( second )
list1 = filter( lambda x: not x.split('\t')[0] in common, one )
list2 = filter( lambda x: not x.split('\t')[0] in common, two )
res1 = filter( lambda x: x.split('\t')[0] in common, one )
res2 = filter( lambda x: x.split('\t')[0] in common, two )
count = len( res1 )
for x in range(count):
    output.write( res1[x] )
    output.write( res2[x] )