Я запускаю Seurat V3 в RStudio и пытаюсь запустить PCA на новом подмножестве объекта. В рамках этого процесса я использую команды:
tnk.cells <- FindVariableFeatures(tnk.cells, assay = "RNA", selection.method = "vst", nfeatures = 2000)
tnk.cells <- RunPCA(tnk.cells, verbose = TRUE, npcs = 30, features = FindVariableFeatures(tnk.cells))
Кажется, что первый процесс работает, но я не уверен, действительно ли это так, и если да, то нужно ли мне указывать, что функции во второй команде должны ссылаться на эти функции. В любом случае, каждый раз, когда я пытаюсь запустить вторую команду, она выдает эту ошибку вместе с тремя предупреждающими сообщениями:
Error in match(x, table, nomatch = 0L) :
'match' requires vector arguments
In addition: Warning messages:
1: In FindVariableFeatures.Assay(object = assay.data, selection.method = selection.method, :
selection.method set to 'vst' but count slot is empty; will use data slot instead
2: In eval(predvars, data, env) : NaNs produced
3: In hvf.info$variance.expected[not.const] <- 10^fit$fitted :
number of items to replace is not a multiple of replacement length
Кто-нибудь знает, почему возникают эти ошибки/предупреждения? Я пытался заставить вывод FindVariableFeatures как вектор и кадр данных, но безрезультатно. Я также хочу спросить: нужно ли мне повторно запускать FindVariableFeatures после подмножества нового набора данных из большего?
