Как открыть и прочитать файл .gz в Nim (желательно построчно)

На тот случай, если вам нужно работать с VCF, а не с .gz, есть хорошая оболочка для htslib, написанная Брентом Педерсеном. :

https://github.com/brentp/hts-nim

Вам необходимо установить htslib в свою систему, а затем потребовать библиотеку в файле .nimble с помощью requires "hts" или установить библиотеку с помощью nimble install hts. Если вы собираетесь проводить анализ NGS в Nim, он вам понадобится.

Код, который вам нужен:

import hts

var v:VCF
doAssert open(v, "myfile.vcf.gz")
# Here you have the VCF file loaded in v, and can access the headers through
#  v.header property

for record in v:
    # Here you get a Record object per line, e.g. extract the Ref and Alts:
    echo v.REF, " ", v.ALT

v.close()

Обязательно следуйте документам, потому что некоторые вещи отличаются от python, особенно при получении полей INFO и FORMAT.

Ознакомьтесь со всем репозиторием Brent. Он содержит множество оболочек, примеров кода и утилит для решения проблем NGS (например, утилита для сверхбыстрого покрытия под названием Mosdepth).

По предложению Мориса Мейера я просмотрел тесты для zip-пакета Nim. Это оказалось довольно просто. Это мой первый Nim скрипт, поэтому прошу прощения, если не следовал правилам и т. д.

import zip/gzipfiles  # Import zip package

block:
  let vcf = newGzFileStream("my_file.vcf.gz")  # Open gzip file
  defer: outFile.close()  # Close file (like a 'final' statement in 'try' block)

  var line: string  # Declare line variable

  # Loop over each line in the file
  while not vcf.atEnd():
    line = vcf.readLine()

    # Cure disease with my VCF file

Чтобы установить пакет zip, я просто запустил, потому что он уже есть в библиотеке пакетов Nim:

> nimble refresh
> nimble install zip

Некоторое время назад я пытался использовать Nim для разбора файла fastq или fastq.gz.

Код должен быть доступен здесь: https://gitlab.pasteur.fr/bli/qaf_demux/blob/master/Nim/src/qaf_demux.nim

Я точно не помню, как это работает, но, по-видимому, я сделал import zip/gzipfiles и использовал newGZFileStream в имени входного файла, чтобы получить Stream, из которого можно прочитать строки, используя .readLine() в этом фрагменте кода:

proc fastqParser(stream: Stream): iterator(): Fastq =
  result = iterator(): Fastq =
    var
      nameLine: string
      nucLine: string
      quaLine: string
    while not stream.atEnd():
      nameLine = stream.readLine()
      nucLine = stream.readLine()
      discard stream.readLine()
      quaLine = stream.readLine()
      yield [nameLine, nucLine, quaLine]

Он используется в чем-то, что составляет этот фрагмент кода:

let inputFqs = fastqParser(newGZFileStream($inFastqFilename))

Надеюсь, вы сможете адаптировать это к вашему случаю.

Мой файл .nimble имеет расширение requires "zip#head". Я предполагаю, что это вызывает установку zip/gzipfiles.