Является ли такой логический метод плохой практикой?

Хорошей практикой является наличие одного оператора return внутри метода. Некоторые спорят об этом, но это мнение.

также рекомендуется сделать оператор if понятным, удалив ненужный код:

public bool isRunning()
{
    bool result = false;
    if (move != Moving.None && staminaRegan)
    {
        if (keyState.IsKeyDown(Keys.Space))
        {
            EntityAnimation.interval = 10;
            result = true;
        }
        else
        {
            EntityAnimation.interval = 65;
        }
    }
    else
    {
        EntityAnimation.interval = 65;
    }

    return result;
}

Метод имеет побочный эффект, поэтому это плохая практика:

 public bool isRunning()

Глядя на сигнатуру метода, мы ожидаем только true/false ответа и ничего более. Однако метод меняет состояние экземпляра:

  ...
  if (!(move == Moving.None) && staminaRegan == true)
    {
        if (keyState.IsKeyDown(Keys.Space))
        {
            EntityAnimation.interval = 10; // <- Aaa! The interval is changed 
            return true;
        }
  ...

Я предлагаю разделить исходный метод на свойство и метод

 // No side effect: just answer is running or not
 public bool IsRunning {
   get {
     return (move != Moving.None) && staminaRegan && KeyState.IsKeyDown(Keys.Space);
   }
 }

 // Put the right interval based on instance internal state 
 // (if it's running etc.)
 public void AdjustInterval() {
   if (IsRunning) // and may be other conditions
     EntityAnimation.interval = 10; //TODO: move magic number into constant 
   else 
     EntityAnimation.interval = 65; //TODO: move magic number into constant
 } 

Вы можете переписать код следующим образом; тогда код не повторяется:

public bool isRunning()
{
    if (move != Moving.None && staminaRegan && keyState.IsKeyDown(Keys.Space))
    {
        EntityAnimation.interval = 10;
        return true;
    }
    else
    {
        EntityAnimation.interval = 65;
        return false;
    }
}

Или, если вам не нужен лишний else:

public bool isRunning()
{
    if (move != Moving.None && staminaRegan && keyState.IsKeyDown(Keys.Space))
    {
        EntityAnimation.interval = 10;
        return true;
    }

    EntityAnimation.interval = 65;
    return false;
}

Я бы подумал о том, чтобы ввести именованное логическое значение в самодокумент, и я бы переименовал staminaRegan в staminaIsRegenerating.

public bool isRunning()
{
    bool isMovingQuickly = (move != Moving.None) && staminaIsRegenerating && keyState.IsKeyDown(Keys.Space);

    if (isMovingQuickly)
        EntityAnimation.interval = 10;
    else
        EntityAnimation.interval = 65;

    return isMovingQuickly;
}

Однако самое главное, вы должны переименовать метод, чтобы более точно описать, что он делает:

public bool CheckIfRunningAndSetAnimationInterval()

Я думаю, что мы пишем код для людей (других разработчиков), конечно, машина выполняет код, но 80% работы разработчика заключается в чтении кода.
Основываясь на этом, я думаю, что поток чтения должен быть точно таким же, как поток выполнения кода - вот почему я думаю, что умножение оператора return неплохо, даже лучше, чем только один оператор возврата в нижней части вашего метода.

Мне нравится этот стиль, и я тоже его использую. Во-первых, вы можете легче читать код, а во-вторых, это дает преимущество при отладке, поскольку вы можете устанавливать точки останова для отдельных случаев else. В противном случае вам нужно будет использовать условия точки останова.