Я пытаюсь создать генеалогическое дерево в igraph (R), и я использовал следующий код:
id = 1:5
parent = c(1,1,2,3,3)
name = c("A", "B", "C", "D", "E")
data = data.frame(id, parent, name)
n = graph.data.frame(data)
co=layout.reingold.tilford(n, flip.y=T)
plot <- plot.igraph(g,layout=co, vertex.label = name)
D и E должны иметь родителя C, но этот код часто отображает D и E друг над другом только с одной стрелкой (вместо двух). У кого-нибудь есть решение этой проблемы?
g, используемый в последней строке, не определен в приведенном выше коде. Я думаю, это должно быть n. Если это так, то это выглядит правильно для меня. 01.10.2015 layout.reingold.tilford для компоновки графика? Он стохастический и кажется несколько неустойчивым. 01.10.2015 Во-первых, вы, кажется, неправильно указали data.frame, чтобы получить свой график. Первый и второй столбцы data определяют вершины, по которым проходят ребра from и to соответственно. Итак, чтобы получить D и E как дочерние элементы C, вам нужно иметь parents в первом столбце. Во-вторых, вы просто указываете метки/имя непосредственно в файле data.frame. У меня это работает:
library("igraph")
data <- data.frame(parent = LETTERS[c(1,1,2,3,3)], id = LETTERS[1:5])
g <- graph.data.frame(data)
myformat <- function(g) {
layout.reingold.tilford(g, root = 1, flip.y = FALSE, circular = FALSE)
}
plot(g, layout = myformat)
Это то, что вы хотите?
У меня также были проблемы с этой командой построения графика (не интерактивный способ построения графика), но я начал использовать tkplot (http://igraph.org/r/doc/tkplot.html) с тех пор.
Проверьте эту версию:
library(igraph)
id = 1:5
parent = c(1,1,2,3,3)
name = c("A", "B", "C", "D", "E")
data = data.frame(id, parent, name)
g = graph.data.frame(data)
tkplot(g, vertex.color="red", vertex.label=name)
Вы должны получить что-то вроде:
Вы можете перемещать узлы (перетаскивать их), нажимать на стрелки, менять их цвет (все или определенные узлы) и т. д. Очень хорошо подходит для визуализации. Вы можете столкнуться с некоторыми проблемами, когда имеете дело с очень большими графами.
Просто чтобы прояснить, проблема, которая у вас есть в вашем коде, кажется, создана командой макета. Если вы просто сделаете:
library(igraph)
id = 1:5
parent = c(1,1,2,3,3)
name = c("A", "B", "C", "D", "E")
data = data.frame(id, parent, name)
g = graph.data.frame(data)
plot <- plot.igraph(g,vertex.label = name)
Вы должны получить:
который точно такой же, как tkplot, но он не позволяет вам изменять форму или другие элементы на фактическом графике.
