Проблема с загрузкой класса JPA в Hibernate

Когда я пытаюсь получить запись из своей базы данных, тип, возвращаемый из EntityManager, отличается от типа, указанного в моем коде. Они оба com.mycompany.Foo, но они были созданы с двумя разными загрузчиками классов. Я обнаружил, что загрузчик классов для второго типа имеет репозитории, установленные на WEB-INF/classes/ с jarPath, установленным на /WEB-INF/lib. Все это настроено с использованием JPA с Hibernate.

постоянство.xml:

<persistence xmlns="http://java.sun.com/xml/ns/persistence"
             xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
             xsi:schemaLocation="http://java.sun.com/xml/ns/persistence http://java.sun.com/xml/ns/persistence/persistence
group 'testApplication'
version '1.0-SNAPSHOT'

apply plugin: 'java'
apply plugin: 'war'

repositories {
    mavenCentral()
}

dependencies {
    testCompile group: 'junit', name: 'junit', version: '4.11'
    compile 'javax:javaee-api:7.0'
    compile 'org.hibernate:hibernate-entitymanager:4.3.5.Final'
    compile 'org.hibernate.javax.persistence:hibernate-jpa-2.0-api:1.0.0.Final'
    compile 'mysql:mysql-connector-java:5.1.36'
}
0.xsd"
             version="2.0">
    <persistence-unit name="manager1" transaction-type="JTA">
        <provider>org.hibernate.ejb.HibernatePersistence</provider>
        <jta-data-source>devResource</jta-data-source>
        <validation-mode>CALLBACK</validation-mode>
        <properties>
            <property name="hibernate.dialect" value="org.hibernate.dialect.HSQLDialect"/>
            <property name="hibernate.hbm2ddl.auto" value="create-drop"/>
            <property name="hibernate.transaction.jta.platform" value="org.hibernate.service.jta.platform.internal.SunOneJtaPlatform" />
        </properties>
    </persistence-unit>
</persistence>

build.gradle с зависимостями:

group 'testApplication'
version '1.0-SNAPSHOT'

apply plugin: 'java'
apply plugin: 'war'

repositories {
    mavenCentral()
}

dependencies {
    testCompile group: 'junit', name: 'junit', version: '4.11'
    compile 'javax:javaee-api:7.0'
    compile 'org.hibernate:hibernate-entitymanager:4.3.5.Final'
    compile 'org.hibernate.javax.persistence:hibernate-jpa-2.0-api:1.0.0.Final'
    compile 'mysql:mysql-connector-java:5.1.36'
}

Класс, извлекающий сущность:

@Stateless
public class FooService {

    @PersistenceContext
    private EntityManager em;

    public Foo getFooEntity(final int id) {
        // Will throw a CastException since Foo is not Foo (loaded through different class loaders)
        return em.find(Foo.class, id);
    }
}

Я компилирую это с помощью IntelliJ (веб-приложение Exploded), может ли это быть проблемой с моими настройками развертывания? В настоящее время они определяются Gradle через военный плагин.