preg_replace внутри цикла заменяет последнее совпадение вместо каждого

Была проблема в регулярном выражении, я изменил его. Также вам не нужен там preg_replace.

<?php
$text = 'Some text and some [link link="linkhref1" text="Text1"],[link link="linkhref2" text="Text2"]';


function shortcodes($text) {
    $shortcodes = array(
        'link' => array(
            "check" => "[link",
            "type" => "link",
            "match" => "#\[link(\s+)link\=\"([^\"]+)\"(\s+)text\=\"([^\"]+)\"\]#Ui",
            "replace" => "/\[link(.*?)\]/s"
        )
    );
    foreach ($shortcodes as $index => $shortcode) {
        if (strpos($text, $shortcode['check']) !== false) {
            $text = shortcode_replace($shortcode, $text);
        }
    }
    return $text;
}


function shortcode_replace($shortcode, $text) {
    $replace = '';
    preg_match_all($shortcode['match'], $text, $matches);
    switch ($shortcode['type']) {
        case "link":
            var_dump($matches);
            foreach ($matches[4] as $index => $match) {
                $link     = $matches[2][$index];
                $linktext = $matches[4][$index];
                $replace = '<a href="' . $link . '">' . $linktext . '</a>';
                $text = str_replace($matches[0][$index], $replace, $text);
            }
    }

    return $text;
}



echo shortcodes($text);

Вот рабочая версия:

<?php
$text = 'Some text and some [link link="linkhref1" text="Text1"],[link link="linkhref2" text="Text2"]';


function shortcodes($text) {
    $shortcodes = array(
        'link' => array(
            "check" => "[link",
            "type" => "link",
            "match" => "#\[link(.*?)link\=\"(.*?)\"(.*?)text\=\"(.*?)\"#",
            "replace" => "/\[link(.*?)\]/s"
        )
    );
    foreach ($shortcodes as $index => $shortcode) {
        if (strpos($text, $shortcode['check']) !== false) {
            $text = shortcode_replace($shortcode, $text);
        }
    }
    return $text;
}


function shortcode_replace($shortcode, $text) {
    $replace = '';
    preg_match_all($shortcode['match'], $text, $matches);

    switch ($shortcode['type']) {
        case "link":
            foreach ($matches[4] as $index => $match) {
                $link     = $matches[2][$index];
                $linktext = $matches[4][$index];
                $replace .= '<a href="' . $link . '">' . $linktext . '</a>';
                $whatToReplace = '[link link="'.$link.'" text="'.$linktext.'"]';


                $text = str_replace($whatToReplace, $replace, $text);
            }
    }

    return $text;
}



echo shortcodes($text);

Я не очень хорошо разбираюсь в RegExp, я модифицировал «совпадение», чтобы оно соответствовало всем ссылкам (с тем, что вы получили, это не так)

Вам нужно указать именно [ссылка] для замены, а не все сразу. На мой взгляд, это правильный способ идентификации ссылки. Вы также можете идентифицировать ее с помощью strpos() (получив начало и конец строки) или посмотреть, где находится [ссылка начинается и первая].

Лучшим вариантом может быть создание регулярного выражения с уникальными значениями для него, что может компенсировать лишние пробелы между тегами.

Надеюсь, это поможет вам