Ошибка JavaScript getElementById с нулевыми значениями и как ее избежать

Более простым решением было бы присвоить этим элементам один и тот же класс, а затем просто выбрать все элементы с этим классом. Я не вижу причин, по которым каждый элемент должен иметь свой идентификатор.

$minimum .= '<div class="K">'.$min[$i].'</div>';
$maximum .= '<div class="H">'.$max[$i].'</div>';

Затем вы делаете в JavaScript:

var mincount = [];
var minelements = document.querySelectorAll('.K');
for (var i = 0, l = minelements.length; i < l; i++) {
    mincount.push(parseInt(minelement[i].innerHTML, 10));
    // if the content is purely numeric, unary plus is simpler:
    // mincount.push(+minelement[i].innerHTML);
}

То же, что и maxcount.

Или, как предложил @adeneo, если ваш код JavaScript также обслуживается через PHP и у вас есть доступ к массиву $min, просто выполните

var mincount = <?php echo json_encode($min); ?>;

Тогда вы даже не знаете, как прикоснуться к DOM.

Самый простой способ проверки нулевых значений — это простая проверка на равенство.

...
...
for(var k=1; k<101; k++) {
    var K_el = document.getElementById("K"+k);
    var H_el = document.getElementById("H"+k);
    if ( K_el != null && H_el != null ) {
        mincount[k] = parseInt(K_el.innerHTML, 10);
        maxcount[k] = parseInt(H_el.innerHTML, 10);
    }
}

Если эти значения не могут быть изменены пользователем, было бы проще вычислить минимальное и максимальное значение в PHP.

Предпочтительное решение — просто поместить общий класс для каждого элемента заданного типа и запросить элементы, которые действительно существуют:

$minimum .= '<div class="K" id="K'.$i.'">'.$min[$i].'</div>';
$maximum .= '<div class="H" id="H'.$i.'">'.$max[$i].'</div>';

var mincount = [];
var maxcount = [];
var kItems = document.querySelectorAll(".K");
var hItems = document.querySelectorAll(".H");
for (var i = 0, len = Math.min(kItems.length, hItems.length); i < len; i++) {
    mincount[i] = parseInt(kItems[i].innerHTML, 10);
    maxcount[i] = parseInt(hItems[i].innerHTML, 10);

}

Не меняя HTML и придерживаясь вашего текущего подхода к коду, вы можете просто проверить, существует ли элемент, прежде чем пытаться его использовать.:

var mincount = [];
var maxcount = [];
var objK, objH;
for(var k=1; k<101; k++) {
    objK = document.getElementById("K"+k);
    objH = document.getElementById("H"+k);
    if (objK) {
        mincount[k] = parseInt(objK.innerHTML, 10);
    }
    if (objH) {
        maxcount[k] = parseInt(objH.innerHTML, 10);
    }
}

Или, если вы знаете, что как только один объект не существует, вы должны выйти из цикла for, вы можете сделать это:

var mincount = [];
var maxcount = [];
var objK, objH;
for(var k=1; k<101; k++) {
    objK = document.getElementById("K"+k);
    objH = document.getElementById("H"+k);
    if (!objK || !objH) {
        break;
    }
    mincount[k] = parseInt(objK.innerHTML, 10);
    maxcount[k] = parseInt(objH.innerHTML, 10);
}