несколько исходных файлов с основными функциями

Кажется, ты на правильном пути.

Чтобы достичь своей цели, вы можете пойти следующим путем:

1. переименуйте несколько main(), как в вашем примере кода, в sample1_main(), sample2_main()... (кстати, это позволяет избежать ошибки multiple definition of)
2. оставьте main() из вашего поста как есть
3. измените ваш make-файл таким образом, чтобы в зависимости от того, какой образец вы хотите запустить, созданный исполняемый файл назывался sample1, sample2, ... (для gcc параметр -o указывает имя исполняемого файла)
4. вызывать исполняемый файл по его имени, то есть sample1 или sample2 или .... Нет необходимости передавать айн параметры.

Вот и все! :-)

Причина такого поведения в том, что argv[0] — это имя самого исполняемого файла.

Похоже, вы хотите иметь возможность выбирать «основную» функцию, которая выполняется во время выполнения, а не во время компиляции. Один из способов сделать это — определить их как отдельные функции «точки входа», а затем иметь средства для выбора той, которая выполняется в вашей функции main, на основе аргументов командной строки.

Таким образом, вы должны определить main.c, sample1.c, sample2.c и т. д., и в main.c у вас будет что-то вроде этого:

int main(int argc, char **argv) {
  char *methodToExecute;

  if (argc < 2) {
    printf("usage: main.exe <sample_name>\n");
    exit(-1);
  }

  methodToExecute = argv[1]; /* argv[0] is 'main.exe' */

  if (strcmp(methodToExecute, "sample1") == 0) {
    return sample1();
  }
  else if (strcmp(methodToExecute, "sample2") == 0) {
    return sample2();
  }

  /* etc. */
  else {
    printf("method not found: %s\n", methodToExecute);
    exit(-1);
  }
}

Вы можете использовать макрос для основных функций в других файлах. При компиляции в виде библиотеки определите ее как sample1_main (используя параметр gcc -D), иначе как main. Попробуйте что-то вроде,

sm1.c:

#include <stdio.h>

#ifndef S1_MAIN
 #define S1_MAIN main
#endif

int S1_MAIN( int argc, char ** argv)
{

    printf( "This is (sample1_main)\n" );
    return 0;
}

sm2.c:

#include <stdio.h>

#ifndef S2_MAIN
 #define S2_MAIN main
#endif

int S2_MAIN( int argc, char ** argv)
{

    printf( "This is (sample2_main)\n" );
    return 0;
}

main.c:

#include <stdio.h>
#include <string.h>

int sample1_main(int , char ** );
int sample2_main(int , char ** );

int main(int argc, char ** argv)
{
    if (argc > 1)
    {
            if (strstr(argv[1], "sample1")) return sample1_main(argc, argv);
            else if (strstr(argv[1], "sample2")) return sample2_main(argc, argv);
    }
    printf("Not sure what I should run.\n");
    return 0;
}

Компиляция: (как отдельный двоичный файл)

gcc -Wall -DS1_MAIN="sample1_main" -DS2_MAIN="sample2_main" main.c sm1.c sm2.c -o main

./main
Not sure what I should run.
./main sample1
This is (sample1_main)
./main sample2
This is (sample2_main)

Компиляция: (как отдельные двоичные файлы)

gcc -Wall sm2.c -o sm2
gcc -Wall sm1.c -o sm1
./sm1
This is (sample1_main)
./sm2
This is (sample2_main)

Примечание. Я исправил основной файл для проверки аргументов командной строки.